Christian Märkl studierte Musikwissenschaft, Erziehungswissenschaft und Psychologie an der Friedrich Schiller Universität Jena, sowie instrumentale und elektroakustische Komposition an der Hochschule für Musik Franz Liszt in Weimar. Den Abschluss als M.A. erhielt er mit einer Arbeit zu den um 1600 in der evangelisch-lutherischen Kirche gepflegten mehrstimmigen Bearbeitungen mittelalterlicher Hymnen. Mit einer theoretischen Arbeit über Musik und Ökologie bei Gérard Grisey und Hildegard Westerkamp erlangte er sein Diplom in Komposition. Anschließend wirkte er als Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Musikwissenschaft Weimar-Jena, mit Lehraufträgen für musikwissenschaftliche Propädeutika, sowie als Mitarbeiter und Berater des Referates Sondersammlungen/Musiksammlung der Herzogin Anna Amalia Bibliothek. Neben einigen publizierten Texten hielt Märkl Vorträge und initiierte die Konzertreihe Musik aus Weimars Aschebüchern. Forschungs- und Studienreisen führten ihn nach Russland, Polen, Spanien und Israel. Märkl war Stipendiat des DAAD und arbeitete u.a. mit dem Meitar Ensemble Tel Aviv, dem spanischen Ensemble Vertixe Sonora, dem Ensemble Via Nova Weimar, oder dem japanischen Flötisten Yuki Kiuchi, zusammen. In seiner Musik verbindet Märkl aktuelle Entwicklungen und historisch gewachsene ästhetische Strömungen zu einer ihm eigenen und individuellen künstlerischen Klangsprache. Aktuell arbeitet er an einer künstlerischen Promotion im Fachbereich Multimediakomposition der Hochschule für Musik und Theater Hamburg bei Jacob Sello und Georg Hajdu über Klang im Raum. Als Projektmitarbeiter an der Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg ist er Teil des Kurator:innenteams der Ausstellung Vom Klang der Dichtung. Klopstock und die Musik, und realisierte technische und medienkünstlerische Vermittlungsideen.